PS3版《機動戰士高達VS極限進化》將有獨特的原創模式，以及自定義BGM編輯模式，使用PSN進行聯機對戰。《高達VS》系列的最大特征就是其2 ON 2的小隊戰，這一系統從初代沿襲至今。如果1對1的話純粹就是看玩家雙方的水平，但如果2 ON 2的話玩家之間的合作將對勝敗造成很大的影響。在本作中，雙方小隊都將有6000的戰力槽，先把對方的戰力槽削減為0的一方獲勝。每臺機體都有1000、2000、2500、3000的COS值的設定，如果將其擊墮就會減少相應的戰力槽，COS越高機體的性能越高。《機動戰士高達VS極限進化》中機體除了移動之外還有射擊、格斗、鎖定切換與沖刺等四種動作可以操作。除此之外，還有能起到一發逆轉的EX系統，如果不善用此系統極有可能無法掌握勝利。高速移動的噴射沖刺，與短距離中使用的圍繞對方行動的高速移動，這兩種移動方法都可以在攻擊與回避中起到很大的作用，而且在擺脫攻擊后出現的硬直動作與攻擊動作取消方面十分實用。被擊中、受到攻擊、自機或僚機被擊墮時都會使EX槽上升，當到達一半以上時就可以發動EX系統，這時可以在一定時間內讓機體的能力大幅上升，并會出現一些動畫中的經典畫面。